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当试管婴儿移植时，我们也会遇到很多问题，这是整个过程的最后阶段和核心步骤。有些人甚至会说，体外受精的成功取决于这一步，这并不夸张，所以这一步的任何操作都是至关重要的。胚胎移植有两种选择：一种是新鲜胚胎移植，另一种是冷冻胚胎移植。在这里，很多人都有最大的疑问。他们不知道这两种选择中哪一种会更好，有什么区别？是新鲜胚胎移植还是冷冻胚胎？
胚泡培养
在过去的试管婴儿胚胎移植中，是在采集卵子后胚胎在实验室培育两到三天。此时胚胎含有大约六到八个细胞。现在实验室的改进可以让胚胎在实验室培养延长到五到六天，届时胚胎将有大约80到100个细胞;这个阶段的胚胎被称为胚泡。
通过将胚胎培养到胚泡阶段，可以选择好的胚胎。卵子受精后，一些胚胎可能会停止发育(停滞)或达不到5天或6天胚泡的阶段。在过去，这些胚胎可能已被选择用于移植，但现在只考虑到达胚泡阶段的胚胎。研究表明，胚泡胚胎容易植入子宫并导致好的怀孕机会。
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延时成像
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通过被称为胚胎镜的专业延时孵化器中查看胚胎的发育，可以帮助选择胚胎。这项技术每20分钟拍摄一次胚胎照片。放置在胚胎镜中的胚胎在此期间不会被扰乱，因此不会暴露于可能影响胚胎质量的外部空气。随着时间的推移，胚胎逐步发展。通过在五到六天(胚泡阶段)期间可视化胚胎发育的进展，胚胎学家可以选择好的胚胎进行移植。
非整倍体胚胎植入前遗传学检测
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目前国内大多数试管婴儿周期依赖于经验丰富的胚胎学家根据其外观选择好的胚胎进行移植。在美国第三代试管婴儿技术，其允许针对染色体异常(非整倍性)筛选胚胎，称为非整倍性的植入前遗传测试。胚胎发育到胚泡阶段后，熟练的胚胎学家将对胚胎进行活组织检查，取出一些细胞，然后送到专家遗传学实验室进行分析。然后使用称为新一代测序(NGS)的筛选方法分析胚胎，所述筛选方法识别具有低染色体异常风险的那些胚胎，描述为正常(整倍体)。然后可以选择被识别为整倍体的胚胎进行移植。
在试管婴儿周期中冷冻所有胚胎。在冷冻之前，将对胚胎进行活组织检查，并将样品送至遗传学实验室进行基因筛查。然后，在检测结果出来之后，一次挑选一个整倍体的胚胎进行移植。
这一技术究竟是会造福人类？还是打开了潘多拉魔盒？科学家、社会学家、伦理学家、宗教人士展开激烈讨论，且争论不休。非医疗目的的胚胎性别选择，可能导致人口性别比例失衡，加重性别歧视，包括我国在内的很多国家是禁止的。特别是在我国，受传统观念的影响，认为生育男孩才能传宗接代，性别选择一旦合法将会出现更多的试管婴儿男孩，导致严重的男女性别比例失衡。另一方面，性别选择也不属于卫生健康范畴，因个人喜好而选择性别不仅增加母体的医疗风险，也有过度医疗、医疗资源浪费之嫌。
第三代试管婴儿最初是用于检测胚胎是否携带致病遗传缺陷，选择健康胚胎移植，避免遗传性疾病在家族中传递。但是也有伦理学家对此提出异议：某些疾病的发生不完全由基因决定，有基因缺陷的个体不一定会发病，如携带有BRCA1基因突变的个体也不一定就会患乳腺癌，仅根据基因检测就判处一个胚胎死刑是否合适？我们有权阻止所谓的缺陷儿出生吗？如著名物理学家斯蒂芬霍金患有脊髓侧索硬化症，如果被扼杀在胚胎期，世界上就少了一位最伟大的科学家；三代试管婴儿会降低残疾人的发生率，这是否会影响到现有残疾人的权利？社会对残疾人的投入资源会减少，社会对残疾人的态度会变得更加消极，残疾人的权力保障将更加困难；世界上最大的三代试管婴儿目前也才27岁，将来会不会有健康问题，谁也不知道，需要时间来证明这一切。
科技是把双刃剑，若任由技术发展，就不仅仅是试管婴儿男孩了，第三代试管就有可能被用于进行其他人类特征的筛选，如肤色、毛发颜色、相貌、高矮、胖瘦、智商等，这将人为改变人类的多样性平衡，对人类的发展具有潜在巨大威胁。面对新兴技术，我们不能盲从推崇，也不能因噎废食，我们应该理性的面对、审慎对待、严格监管，将新技术最大程度造福人类。
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